존 스톤스는 잉글랜드 북중부의 반슬리 출신으로, 1994년 5월 28일 태어났다. 어린 시절부터 축구를 시작해 지역 클럽 페니스톤 처치에서 뛰었으며, 이후 반슬리 유소년팀에 합류했다. 2012년 3월 17일 반슬리에서 챔피언십 데뷔전을 치렀고, 2013년 8월 28일 에버턴에서 프로 데뷔했다. 에버턴에서 3시즌 동안 뛰며 뛰어난 수비수로 성장했고, 2014년 5월 30일 잉글랜드 국가대표팀에도 데뷔했다. 이번에 인터 밀란으로 이적이 공식 발표되었다.